在铃木园子的邀请下，柯南、小兰和少年侦探团一行参加了在太平洋航行的豪华客船阿佛洛狄忒号的处女航。很多名人和政界人士也来乘坐这艘优雅的海上游轮，但正在捉迷藏的时候铃木园子被人绑架、监禁了。凭借柯南的机智九死一生，这次在船上又发生了杀人事件。柯南注意到15年前发生的货船第一八代丸的沉没事故和半个月前发生的交通事故之间的关联……
